المجلس العلمي المحلي للرحامنة مؤسسة رسمية مستقلة، منضوية تحت المجلس العلمي الأعلى الذي يرأسه مولانا أمير المؤمنين حفظه الله، وتسير أمورها الإدارية وتشرف على أنشطتها العلمية الأمانة العامة للمجلس العلمي الأعلى؛ ولهذا فهي تتلقى تعليماتها وإرشاداتها في الحقل الديني من التوجيهات الملكية السامية، ومن مقررات الأمانة العامة للمجلس العلمي الأعلى، وتشتغل في حياد واستقلال تامين عن مؤسسات المحيط، مع حرصها الكامل على التنسيق معها حسب القوانين المنظمة لأنشطتها بناء على مبدأي التعاون والالتقائية، انطلاقا من قوله تعالى: ﴿وَتَعَاوَنُوا عَلَى الْبِرِّ وَالتَّقْوى ...) المائدة: (3)، في أفق تحقيق الفاعلية والجودة في كل صور التدخل والعمل المشترك.